
%%%   실험내용   %%%
% 1. 데이터 셋
    % - (표)인공 변형 데이터
    % - (표)실제 생물 데이터

% 2. 실험 결과
    % - 유전체 유사도 비교
        % (표)  A1-A8까지 유사도 비교 결과
        % (그림) A1, 그 외 서열 중 1개~2개 동시 시각화 결과
        % 도출하고자 하는 결론 :
    % - 유전체 탐색
        % (표)  탐색 결과
        % (그림) 탐색 위치
\subsection{Dataset Preparation}
        %%데이터는 유사도 비교 모델을 검증하기 위한 인공 데이터 셋과 서열 탐색을 위한 실제 생물 데이터를 사용하였다.
%        Actual biological sequence data were used for the searching experiment, and artificial data were used to validate the similarity comparison model.
%        %인공 데이터는 사람의 염색체 1번 서열에서 랜덤한 위치의 서열을 1MB 추출하여 변형한 서열이다.
%        Artificial sequence data are obtained by extracting a sequence of 1 MB length from the Human chromosome 1 sequence at a random location and inserting noise in a predetermined ratio.
%        %1~80\%의 비율(M.Rate)로 다양한 크기만큼의 염기를 교체, 삭제, 삽입하는 방식으로 변형되었다.
%        A number of bases with different sizes are deleted, inserted, and replaced by a ratio of 1\% to 80\%.
%        %생물체 데이터는 사람(H)의 염색체 3, 7, 8번 서열 및 넙치(FF)의 5, 9, 10번 서열 데이터이다.
%        The biological sequences are Human (H) chromosomes 3, 7, and 8 and flatfish (FF) chromosomes 5, 9, and 10.
%        %또 그로부터 추출한 LTR, ERV, Gypsy 데이터이다.
%        In addition, LTR, ERV, and Gypsy data extracted from these chromosomes were used as a query.
%        %Ratio는 압축률을 뜻하며, 실제 데이터의 B.P. 개수와 random Plot으로 가시화 했을 때 px의 개수의 비이다.
%        `Ratio' refers to the compression ratio of the number of B.P. and pixels of the actual sequence to be converted to a random plot.
%        %예를 들어 사람의 XX번 염색체은 실제 B.P.개수가 X개이고, random plot에 포함된 px의 개수가 X개로, 압축률이 X\%이다.
%        For example, since the Human chromosome No. XX has YY bases, if the random plot has ZZ pixels, the compression ratio is --\%.

        %데이터는 유사도 비교 모델을 검증하기 위한 인공 데이터 셋과 서열 탐색을 위한 실제 생물 데이터를 사용하였다.
Actual biological sequence data were used for the searching experiment, and artificial data were used to validate the similarity comparison model.
%생물체 데이터는 사람(h)의 염색체 1번 서열 및 그로부터 추출한 1M-10M 크기의 서열이다.
The biological sequences are Human chromosome 1 (246MB size) and the sequence of a 1M-10M size extracted from chromosome 1.
%인공 데이터는 추출된 서열을 일정 확률로 변형한 서열이다.
%사람의 염색체 1번 서열에서 랜덤한 위치의 서열을 1MB 추출하여 변형한 서열이다.
Artificial sequence data are obtained by extracting a sequence of 1-10 MB length from the Human chromosome 1 sequence at a random location and inserting noise in a predetermined ratio.
%1~80\%의 비율(M.Rate)로 다양한 크기만큼의 염기를 교체, 삭제, 삽입하는 방식으로 변형되었다.
A number of bases with different sizes are deleted, inserted, and replaced by a ratio of 1\% to 50\%.
%서열의 변형 비율 및 크기와 random plot의 픽셀 갯수 및 압축률을 표 1, 2, 3, 4에 나타내었다.
The artificial data information such as ratio and the b.p. size and number of pixels and compression ratio is shown in Tables \ref{dataset_1mb} and \ref{dataset_4mb}. `A1-0' means that the artificial data of 1M size and 0\% modified, namely it is just extracted from Human sequence, not modified. But `A10-25' means that the artificial data of 10M size and 25\% modified.
%Ratio는 압축률을 뜻하며, 실제 데이터의 B.P. 개수와 random Plot으로 가시화 했을 때 px의 개수의 비이다.


%--------------------camera begin--------------------
%`M' (M.Rate) refers to the modified ratio of the number of B.P. on origin sequence.
This modification rate is expressed as 'M' (M.Rate) in Table \ref{dataset_1mb} and \ref{dataset_4mb}.
`M' (M.Rate) refers to the modified ratio of the number of B.P. on origin sequence.
For verification of the similarity comparison model, this rate was set higher gradually as the experiment was repeated.
%--------------------camera end--------------------

`Ratio' refers to the compression ratio of the number of B.P. and pixels of the actual sequence to be converted to a random plot.
%예를 들어 사람의 XX번 염색체은 실제 B.P.개수가 X개이고, random plot에 포함된 px의 개수가 X개로, 압축률이 X\%이다.
For example, in the Table \ref{dataset_1mb}, since A1-1 sequence has 1000.02K bases, and random plot size consists of 36K pixel, the compression ratio is 3.58\%.
`Sim' means that the similarity result of origin sequence and modified sequence and `Comp.t' represents the comparison time.
\begin{table}[h]
\center
\scriptsize
\caption{
% 사람의 염색체 1번 서열에서 1MB 서열을 추출하여 일정 비율의 노이즈를 삽입한 인공 데이터 명세
% 사람의 염색체 1번 서열 중 일부를 추출하여 일정 비율의 노이즈를 삽입하는 방식으로 변형한 데이터 명세
Specification of artificial data of 1M, 2M size extracted from Human chromosome 1 and comparison result
}
\def\arraystretch{1.2}
\begin{tabular}{@{}c@{}|c|r|r|r|r|r@{}} \hline
Sq  & M       & Length    & Plot   & Ratio & Sim. & Cmp.t   \\
N.  & (\%)    & (K bp)    & (K px) & (\%)  & (\%) & (s)       \\  \hline
A1-0     & 0  & 1000.02 & 36.00 & 3.58 & 100.00 & 0 \\
A1-1	 & 1  & 999.93 & 35.79 & 3.58 & 99.59 & 0 \\
A1-2	 & 2  & 1000.01 & 36.17 & 3.62 & 99.45 & 0 \\
A1-5	 & 5  & 999.89 & 36.67 & 3.67 & 98.23 & 0 \\
A1-8	 & 8  & 999.97 & 37.74 & 3.77 & 96.06 & 0 \\
A1-10	 & 10 & 1000.49 & 38.05 & 3.80 & 91.73 & 0 \\
A1-15	 & 15 & 999.78 & 40.74 & 4.07 & 93.58 & 0.016 \\
A1-20	 & 20 & 1000.29 & 42.49 & 4.25 & 91.76 & 0 \\
A1-25	 & 25 & 999.92 & 44.2 & 4.42 & 86.14 & 0 \\
A1-30	 & 30 & 999.79 & 47.18 & 4.72 & 84.23 & 0.015 \\
A1-40	 & 40 & 1001.12 & 50.86 & 5.08 & 69.86 & 0.015 \\
A1-50	 & 50 & 999.47 & 58.36 & 5.84 & 63.53 & 0.016 \\  \hline

%Sq N.  & M.Rate(\%) & Length( K B.P.) & Walk(K px) & Ratio(\%)  \\ \hline
A2-0	 & 0  & 2000.04 & 67.09 & 3.35 & 100.00 & 0 \\
A2-1	 & 1  & 1999.96 & 66.89 & 3.34 & 98.03 & 0 \\
A2-2	 & 2  & 2000.15 & 67.27 & 3.36 & 95.85 & 0 \\
A2-5	 & 5  & 2000.26 & 68.99 & 3.45 & 94.65 & 0 \\
A2-8	 & 8  & 2000.2  & 70.4  & 3.52 & 90.5 & 0 \\
A2-10	 & 10 & 2000.14 & 69.64 & 3.48 & 91.2 & 0.016 \\
A2-15	 & 15 & 1999.94 & 70.84 & 3.54 & 85.71 & 0 \\
A2-20	 & 20 & 2000.18 & 77.56 & 3.88 & 83.62 & 0 \\
A2-25	 & 25 & 2000.66 & 79.97 & 4.00 & 72 & 0 \\
A2-30	 & 30 & 1999.85 & 89.15 & 4.46 & 73.37 & 0 \\
A2-40	 & 40 & 2001.5 & 88.54 & 4.42 & 63.34 & 0.016 \\
A2-50	 & 50 & 2000.62 & 104.11 & 5.20 & 54.91 & 0.016 \\  \hline
\end{tabular}
\label{dataset_1mb}
\end{table}

\begin{table}[h]
\center
\scriptsize
\caption{
Specification of artificial data of 4M, 10M size}
\def\arraystretch{1.2}
\begin{tabular}{@{}c@{}|c|r|r|r|r|r@{}} \hline
Sq  & M & Length    & Plot  & Ratio & Sim. & Cmp.t \\
N.  & (\%)   & (K bp)    & (K px) & (\%)  & (\%)       & (s)       \\  \hline
%Sq N.  & M.Rate(\%) & Length( K B.P.) & Walk(K px) & Ratio(\%)  \\ \hline
A4-0	 & 0 &  4000.09 & 42.62 & 1.07 & 100.00 & 0 \\
A4-1	 & 1 & 4000.18 & 42.69 & 1.07 & 99.3 & 0 \\
A4-2	 & 2 & 3999.71 & 42.15 & 1.05 & 98.93 & 0 \\
A4-5	 & 5 & 3999.51 & 44.13 & 1.10 & 98.18 & 0 \\
A4-8	 & 8 & 3999.36 & 44.08 & 1.10 & 96.03 & 0 \\
A4-10	 & 10 & 4000.1 & 45.95 & 1.15 & 96.27 & 0 \\
A4-15	 & 15 & 3999.75 & 45.69 & 1.14 & 94.63 & 0 \\
A4-20	 & 20 & 4000.23 & 49.33 & 1.23 & 91.33 & 0 \\
A4-25	 & 25 & 3999.7 & 49.78 & 1.24 & 90.93 & 0 \\
A4-30	 & 30 & 4001.21 & 53.79 & 1.34 & 84.36 & 0.016 \\
A4-40	 & 40 & 3999.59 & 57.16 & 1.43 & 76.82 & 0.015 \\
A4-50	 & 50 & 4000.14 & 64.1 & 1.60 & 66.87 & 0 \\  \hline

%Sq N.  & M.Rate(\%) & Length( K B.P.) & Walk(K px) & Ratio(\%)  \\ \hline
A10-0	 & 0 & 10000.05 & 65.26 & 0.65 & 100.00 & 0 \\
A10-1	 & 1 & 10000.03 & 65 & 0.65 & 98.08 & 0 \\
A10-2	 & 2 & 10000.13 & 64.81 & 0.65 & 97.29 & 0 \\
A10-5	 & 5 & 9999.47 & 66.32 & 0.66 & 96.76 & 0.015 \\
A10-8	 & 8 & 9999.74 & 68.75 & 0.69 & 95.12 & 0 \\
A10-10	 & 10 & 10000.71 & 67.93 & 0.68 & 94.9 & 0.015 \\
A10-15	 & 15 & 9999.97 & 75.13 & 0.75 & 91.18 & 0 \\
A10-20	 & 20 & 9998.82 & 74.38 & 0.74 & 90.24 & 0 \\
A10-25	 & 25 & 9999.4 & 78.34 & 0.78 & 87.68 & 0.016 \\
A10-30	 & 30 & 9999.24 & 82.29 & 0.82 & 82.49 & 0 \\
A10-40	 & 40 & 9999.82 & 87.51 & 0.88 & 78.48 & 0 \\
A10-50	 & 50 & 10001.48 & 94.45 & 0.94 & 66.47 & 0 \\  \hline
\end{tabular}
\label{dataset_4mb}
\end{table}


% -------------------------------------- 새로 추가된 부분 --------------------------------------
%표 \ref{dataset_bior, dataset_bioq}는 실제 생물정보 분석에서 자주 다루는 LTR sequence를 탐색하기 위한 데이터이다.
%표 \ref{dataset_bior}에서 R-F-1은 레퍼런스 서열로서 넙치의 크로모좀 1번 서열을 뜻한다.
%이에 상응하는 표\ref{dataset_bioq}에서 Q-F-1은 R-F-1의 쿼리 서열로서, R-F-1에서 추출한 LTR 서열이다.
Tables \ref{dataset_bior} and \ref{dataset_bioq} are data for searching for LTR sequences that are frequently handled in real bioinformatics analysis.
In the table \ref{dataset_bior}, R-F-1 is the reference sequence and means chromosome 1 sequence of the Flatfish.
In the corresponding table \ref {dataset_bioq}, Q-F-1 is the query sequence of R-F-1 and is the LTR sequence extracted from R-F-1.
%인공적으로 생성한 데이터와의 가장 큰 차이점은 LTR 서열은 길이가 짧기 때문에 시각화된 공간에서 압축률이 낮다는 것이다.
The biggest difference from the artificially generated data is that the LTR sequence is too short and thus has a low compression rate in the visualized space.
%압축하지 않아도 제한된 공간상에 시각화가 가능하기 때문이다.
This is because visualization is possible in a limited space without compression.
%reference 서열들은 query 서열의 압축률을 기준으로 하기 때문에, 이 경우 레퍼런스 서열의 random plot 크기가 매우 크다는 것을 확인할 수 있다.
Since the reference sequences are based on the compression ratio of the query sequence, we can see that the random plot size of the reference sequence is very large relatively.

\begin{table}[h]
\center
\scriptsize
\caption{Specification of biological data for reference}
\def\arraystretch{1.2}
\begin{tabular}{c|c|c|r|r|r} \hline
Sq      & Chr. &Species  & Length   & Plot   & Ratio      \\
N.      &      &         & (M bp)   &(M px)  & (\%)       \\  \hline
R-F-1	& 1    &Flatfish & 19.80    & 19.02  & 95.06      \\
R-F-2	& 2    &Flatfish & 20.14    & 19.34  & 96.02      \\
R-F-3	& 3    &Flatfish & 22.24    & 21.36  & 96.04      \\
R-F-5	& 5    &Flatfish & 23.64    & 22.69  & 95.98      \\
R-H-1	& 1    &Human    & 246.89   & 236.44 & 95.77   \\ \hline
\end{tabular}
\label{dataset_bior}
\end{table}

\begin{table}[h]
\center
\scriptsize
\caption{Specification of biological data for query}
\def\arraystretch{1.2}
\begin{tabular}{c|c|c|r|r|r} \hline
Sq      & Chr. &Species  & Length   & Plot   & Ratio \\
N.      &      &         & (K bp)   &(K px)  & (\%)  \\  \hline
%Sq     & Chr. &Species  & Length   & Plot  & Ratio \\ \hline
Q-F-1	& 1    &LTR       & 0.41    & 0.41   & 100.00  \\
Q-F-2	& 2    &5'LTR     & 1.56    & 1.54   & 98.72  \\
Q-F-3	& 3    &Gypsy     & 4.84    & 4.78   & 98.76  \\
Q-F-5	& 5    &LTR       & 8.55    & 6.44   & 75.32  \\
Q-H-1	& 1    &HERV-K    & 9.26    & 8.06   & 87.04  \\ \hline
\end{tabular}
\label{dataset_bioq}
\end{table}
% --------------------------------------                 --------------------------------------

\subsection{Experiment:Comparison Between Modification ratio and Similarity based proposed Model}
%표\ref{} 및 그래프\ref{f_sim_grp} 는 일정 비율로 수정된 서열과 원본 서열의 유사도 비교 결과를 나타낸 것이다.
Table \ref{dataset_1mb} and Figure \ref{f_sim_grp} show the result of similarity analysis of origin extracted sequence and modified sequences. In Table \ref{dataset_1mb}, `Sim' means that the similarity result of origin sequence and modified sequence and `Comp.t' represents the comparison time.
%변형 비율이 커짐에 따라 유사도가 떨어짐으로써, 본 연구에서 제안하는 유사도 비교 모델이 서열의 유사성을 정확히 반영한다는 것을 확인할 수 있다.
As the modification ratio increases, the degree of similarity decreases. Thus, it can be confirmed that the similarity comparison model proposed in this study accurately reflects the similarity of the sequences.
%또한 서열 생성을 제외하고, 비교에 소요되는 시간은 모두 0.02초 내외로 매우 빠른 속도로 처리가 가능함을 확인할 수 있다.
In addition, except for sequence generation, the time required for comparison is 0.02 seconds, which means that it can be processed at a very high speed.

\begin{figure}[h]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/human_art_0_10_4MB.png}}
%\includegraphics[width=66mm]{figures/human_art_10.png}
\caption{
%사람의 염색체 1번 염색체 중 일부를 추출하여 인위적으로 변형한 A1(원본) 서열과 A5(10\%) 시각화한 결과이다.
Red random plot represents one part of Human chromosome 1, the length of which is 4 MB, in terms of nucleotide bases.
Green random plot represents the 10\% distorted sequence of the red one, Human chromosome 1.
}
\label{f_exp_1}
\end{figure}

\begin{figure}[h]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/human_art_0_20_4MB.png}}
%\includegraphics[width=66mm]{figures/human_art_30.png}
\caption{
%사람의 염색체 1번 염색체 중 일부를 추출하여 인위적으로 변형한 A1(원본) 서열과 A7(30\%) 시각화한 결과이다.
Red random plot represents one part of Human chromosome 1, the length of which is 4 MB, in terms of nucleotide bases.
Green random plot represents the 30\% distorted sequence of the red one, Human chromosome 1.
}
\label{f_exp_1}
\end{figure}

%\begin{figure}[h]
%\center
%\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=66mm]{figures/human_art_0_50_4MB.png}}
%%\includegraphics[width=66mm]{figures/human_art_30.png}
%\caption{
%%사람의 염색체 1번 염색체 중 일부를 추출하여 인위적으로 변형한 A1(원본) 서열과 A7(50\%) 시각화한 결과이다.
%Red random plot represents one part of Human chromosome No.1, the length of which is 4 MB, in terms of nucleotide bases.
%Green random plot represents the 50\% distorted sequence of the red one, Human chromosome No.1.
%}
%\label{f_exp_1}
%\end{figure}
%

\begin{figure}[h]
\center
\includegraphics[width=.46\textwidth]{figures/sim_grp2.png}
\caption{
Similarity between origin sequence and modified sequences in each size 1-10MB.
}
\label{f_sim_grp}
\end{figure}

%
\subsection{Experiment:Artificial Sequence Search over whole genome sequence}
%표\ref{search_result}는 추출한 원본 서열 및 변형된 서열을 사람 크로모좀 1번에서 탐색한 결과를 나타낸 표이다.
% `Unit B.P.'는 탐색의 단위가 되는 B.P의 크기이며, `Unit Vector'는 한 번 비교할 때 고려하는 벡터의 크기를 말한다.
% `Error Dist.'는 실제 서열이 존재하는 위치와 탐색된 위치 사이의 절대 거리이다.
% `Find.t'는 탐색에 소요된 시간을 나타낸 것이다.
Table \ref{search_result} is the result of sequence searching process for extracted original sequence from Human chromosome 1 and the modified sequences.
`Unit B. P. ' is the size of B.P. as a unit of search,` Unit Vector' refers to the size of the vector to consider when comparing a time.
`Error Dist.' is the distance between the actual sequence position and the result of search position.
`Find.t' shows the amount of time spent on search.
% 0% 수정된 서열, 즉 원본 서열 탐색 뿐만 아니라 20%까지 변형된 서열에 대해서도 빠른 시간 안에 탐색이 되었다.
% 실제 위치와 탐색 결과의 차이는, 쿼리 크기가 1M 일 때 200BP 이내이고, 쿼리가 10M 일 때는 약  2000BP에 불과하여, 비교적 정확한 것을 확인할 수 있다.
The original sequence (0\% modified sequence) search, as well as about the modified sequence of up to 20\% are also searched in a short time.
The difference between the actual position and the search result is relatively accurate, as the query size is less than 200 B.P. when the query size is 1M, and only about 2000 B.P. when the query is 10M.
\begin{table}[h]
\center
\scriptsize
\caption{
%추출한 원본 서열 및 변형된 서열을 사람 크로모좀 1번에서 탐색한 결과를 나타낸 표이다.
The result of sequence search for origin sequence and modified sequence in Human chromosome 1
}
\def\arraystretch{1.2}
\begin{tabular}{c|r|r|r|r|r} \hline
Q  &  Unit sz. & Vec.sz  & error & Sim. & Find.t   \\
sq.&  (bp)     & (px)         & Dist.  & (\%) & (s)      \\ \hline
A1-0 & 28 & 11200 & 0 & 99.29 & 17.269 \\
A1-5 & 27 & 10800 & 150 & 97.27 & 21.341 \\
A1-10 & 26 & 10400 & 840 & 91.34 & 23.213 \\
A1-20 & 23 & 9200 & 120 & 88.75 & 22.514 \\ \hline
A4-0 & 92 & 36800 & 1160 & 92.81 & 6.537 \\
A4-5 & 90 & 36000 & 160 & 98.41 & 6.896 \\
A4-10 & 88 & 35200 & 1040 & 92.68 & 7.678 \\
A4-20 & 80 & 32000 & 1040 & 86.3 & 9.132 \\ \hline
A10-0 & 154 & 61600 & 1120 & 93.88 & 13.665 \\
A10-5 & 150 & 60000 & 560 & 97.21 & 16.065 \\
A10-10 & 148 & 59200 & 280 & 95.09 & 14.245 \\
A10-20 & 134 & 53600 & 2020 & 81.95 & 22.241 \\ \hline
\end{tabular}
\label{search_result}
\end{table}
% 그림\ref{find_1MB, find_10MB}는 사람의 1번 염색체에서 크기가 각 1MB, 10MB인 쿼리를 탐색했을 때 위치를 시각화한 결과이다.
Figure \ref{find_1MB} and \ref{find_10MB} are the visualization result of search for the query sequence of 1MB, 10MB in the chromosome 1 of the Human.
%빨간색은 사람의 1번 염색체를 시각화한 것이고, 파란색으로 표시된 부분이 쿼리가 탐색된 위치이다.
Red random plot is a visualization of Human chromosome 1, and blue point is the location where the query was searched.
%시각화 결과를 통해, 1MB 크기의 쿼리는 레퍼런스 서열의 비교적 앞부분에서 발견되었고, 10MB 크기의 쿼리는 서열의 끝부분에 존재한다는 것을 확인할 수 있다.
Through the visualization results, we can see that a query of 1MB size was found at a relatively early stage of the reference sequence, and a query of 10MB size was at the end of the sequence.
This is consistent with the position in the actual sequence, and represents a search result in a more intuitive.
\begin{figure}[h]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/find_whole_1MB.png}}
\caption{
Searching result of query sequence (A1-0) in reference sequence (Human chromosome 1).
Red plot represents reference sequence and blue cross point represents the position of searched query sequence.
}
\label{find_1MB}
\end{figure}

\begin{figure}[h]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/find_whole_10MB.png}}
\caption{
Searching result of query sequence (A10-0) in reference sequence (Human chromosome 1).
Red plot represents reference sequence and blue cross point represents the position of searched query sequence.
}
\label{find_10MB}
\end{figure}


% ---------- 새로 추가된 부분 ----------
\subsection{Experiment:Biological Sequence Search over whole genome sequence}
%표 \ref{search_bio_result}는 biological query sequence를 whole genome sequence에서 탐색한 결과를 나타낸 것이다.
Table \ref {search_bio_result} shows the results of searching a biological query sequence in a whole genome sequence.
%The flatfish chromosome 1에서 추출한 LTR 서열(Q-F-1)을 탐색한 결과 탐색시간 약 0.4초 내에 실제 쿼리의 위치와 90 B.P. 이내에서 유사도 85.7\%로 찾을 수 있었다.
The search for the LTR sequence (Q-F-1) extracted from the flatfish chromosome 1 resulted in a similarity of 85.7\% within 90 B.P. of the actual query position within about 0.4 seconds of search time.
%반면 사람의 choromosome 1에서 추출한 HER-V 서열(Q-H-1)은 쿼리 서열의 길이는 짧고 레퍼런스 서열의 길이가 길어서 상대적으로 긴 시간이 소요되었다.
On the other hand, the HER-V sequence (Q-H-1) extracted from Human chromosome 1 took relatively longer time, longer than 40 seconds because the length of the query sequence was short and the length of the reference sequence was long.
%실제 위치와 탐색 결과의 차이는 약 2000 B.P.로서 레퍼런스 서열의 길이가 200M 임을 고려했을 때, 비교적 정확한 것을 확인할 수 있었다.
The difference between the actual position and the search result is about 2000 B.P., which is relatively accurate considering that the length of the reference sequence is more than 200M.

%그림 \ref{find_ltr_f1,find_ltr_f2,find_ltr_f3,find_ltr_f5}는 각각 flatfish chromosome 1,2,3,5 서열을 시각화 하여 X-Y평면에 투사한 것이다.
Figures \ref{find_ltr_f1},\ref{find_ltr_f2},\ref{find_ltr_f3} and \ref{find_ltr_f5} visualize the flatfish chromosome 1,2,3,5 sequences, respectively.
%빨간색은 flatfish whole genome을 시각화 한 것이고, 파란색으로 표시된 부분이 각 쿼리가 탐색된 위치이다.
The red one is a visualization of the whole genome of a flatfish, and the area marked in blue is where each query was searched.
%그림 \ref{find_ltr_f3,find_ltr_f5}은 마킹된 위치가 원점과 거의 일치하는 것을 확인할 수 있는데, 이는 Q-F-3, Q-F-5 쿼리가 실제로 whole genome sequence의 초반 0.5\% 이내에 위치한다는 것을 반영하고 있다.
Figures \ref{find_ltr_f3} and \ref{find_ltr_f5} show that the marked positions are almost identical to the origin, reflecting that the Q-F-3 and Q-F-5 queries are actually located within 0.5 \% of the flatfish whole genome sequence.
%반면 그림 \ref{find_ltr_f1,find_ltr_f2}은 마킹된 위치가 원점에서 비교적 멀어져있는데, 이는 Q-F-1, Q-F-2 쿼리의 위치가 실제 whole genome sequence의 7\%, 10\% 이내에 위치한다는 것을 반영하고 있다.
On the other hand, Figures \ref{find_ltr_f1} and \ref{find_ltr_f2} reflect that the marked positions are relatively far away from the origin, that the positions of the Q-F-1 and Q-F-2 queries are actually located within 7\% and 10\% of the flatfish whole genome sequence.
%그림 \ref{find_ltr_h1}은 사람의 chromosome 1 서열을 시각화 하고 Q-H-1 쿼리를 탐색한 결과를 마킹한 것이다.
Figure \ref{find_ltr_h1} visualizes the Human chromosome 1 sequence and marks the result of searching the Q-H-1 query.
%Q-H-1 쿼리가 Human sequence의 초반 63\%(약 155 MB.P.)에 위치하는 것을 시각화 결과를 통해서도 확인할 수 있다.
It is well reflected that the Q-H-1 query is actually located in the early 63 \% (about 155 MB.P.) of the Human sequence.
%그림 \ref{find_ltr_h1_E}은 쿼리 서열 원본(Q-H-1)과 레퍼런스 서열(R-H-1)에서 탐색된 위치의 서열 일부를 확대한 결과이다.
%레퍼런스에서 탐색된 서열(green plot)은 유사도가 78\% 였으며, 쿼리 서열과 매칭했을 때 육안으로도 매우 유사함을 확인할 수 있다.
Figure \ref{find_ltr_h1_E} is the result of original query sequence (Q-H-1) and enlarged subsequence of the reference sequence (R-H-1) at searched position.
The similarity of the searched sequence in the reference (green plot) was 78\%, and it can be confirmed that the query is very similar to the query when matched with the query sequence.

\begin{table}[h]
\center
\scriptsize
\caption{
%추출한 원본 서열 및 변형된 서열을 사람 크로모좀 1번에서 탐색한 결과를 나타낸 표이다.
The result of sequence search for biological query sequence in flatfish and Human chromosome 1.
}
\def\arraystretch{1.2}
\scriptsize
\begin{tabular}{c|r|r|r|r|r} \hline
Q  &    Unit sz. & Vec.sz  & error  & Sim.  & Find.t   \\
sq.&    (bp)     & (px)    & Dist.  & (\%)  & (s)      \\ \hline
Q-F-1&  1        & 413     &  90     & 85.70 &  0.400   \\
Q-F-2&  1        & 1540    & 180     & 72.40 &  1.030   \\
Q-F-3&  1        & 4780    & 960     & 69.10 &  0.452   \\
Q-F-5&  1        & 6443    & 1230    & 75.20 &  2.038   \\
Q-H-1&  1        & 8063    & 2130    & 78.40 & 41.011   \\ \hline
\end{tabular}
\label{search_bio_result}
\end{table}

\begin{figure}[h]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/find_ltr_f1.png}}
\caption{
Searching result of query sequence (Q-F-1) in reference sequence (R-F-1).
Red plot represents reference sequence and blue cross point represents the position of searched query sequence.
}
\label{find_ltr_f1}
\end{figure}


\begin{figure}[h]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/find_ltr_f2.png}}
\caption{
Searching result of query sequence (Q-F-2) in reference sequence (R-F-2).
Red plot represents reference sequence and blue cross point represents the position of searched query sequence.
}
\label{find_ltr_f2}
\end{figure}

\begin{figure}[h]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/find_ltr_f3.png}}
\caption{
Searching result of query sequence (Q-F-3) in reference sequence (R-F-3).
Red plot represents reference sequence and blue cross point represents the position of searched query sequence.
}
\label{find_ltr_f3}
\end{figure}


\begin{figure}[h]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/find_ltr_f5.png}}
\caption{
Searching result of query sequence (Q-F-5) in reference sequence (R-F-5).
Red plot represents reference sequence and blue cross point represents the position of searched query sequence.
}
\label{find_ltr_f5}
\end{figure}

\begin{figure}[ht]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/find_ltr_h1.png}}
\caption{
Searching result of query sequence (Q-H-1) in reference sequence (R-H-1).
Red plot represents reference sequence and blue cross point represents the position of searched query sequence.
}
\label{find_ltr_h1}
\end{figure}

\begin{figure}[ht]
\center
\fcolorbox{black}{black}{\includegraphics[width=60mm]{figures/find_ltr_h1_E.png}}
\caption{
Matching result between the query sequence (Q-H-1) and the extended subsequence of reference sequence (R-H-1),
which was depicted as a blue cross in Figure \ref{find_ltr_h1}.
}
\label{find_ltr_h1_E}
\end{figure}

